La chiesa della Madonna dell'Assunta è il cuore pulsante del Santuario ... e, non a caso, si trova in mezzo tra l'attuale ingresso ed il grande piazzale del Quadrante.

La chiesa ha la classica forma a croce latina ad unica navata di tante altre chiese francescane del periodo (XIV).

L'inteno è diviso su quattro campate con volte a crociera attualmente non affrescate.

Al centro della chiesa ci sono due cappelle (Annunciazione e Natività) a rientare.

Per la sua realizzazione ci sono voluti oltre 150 anni; essendo iniziata nel 1348 (grazie al contributo del conte Tarlato di Pietramala) e terminata nel 1509 (grazie al contributo dell'Arte della Lana di Firenze).

E fu proprio questa importante corporazione che "portò" Andrea della Robbia alla Verna commissionandogli la realizzzione di varie opere d'arte che servirono a decorare in generale tutto il Santuario tra cui le cappelle realizzate all'interno della chiesa:

• la Cappella della Natività

• la Cappella dell'Annunciazione

• la Cappella dell'Ascensione

Sempre realizzate da Andrea della Robbia sono gli altari ed il Presbiterio.

Altare di San Francesco - Madonna del Rifugio

Bello è il campanile a forma quadra del 1490, ben proporzionato con le dimensioni della chiesa.

Nella Basilica si trovano pure alcune reliquie attribuite a San Francesco: quali la preziosa reliquia con il Sangue di San Francesco, il Suo saio ed altri utensili o suppellettili.

Tutti i giorni dal 1431, all'ora media (le 15), dalla chiesa parte la cosiddetta Processione delle Stimmate.

Dal 1921 la chiesa della Madonna dell'Assunta ha il titolo di Basilica minore.