La sua origine si perde nella notte dei tempi quando nel 781 d.C. Carlo Magno andò a Roma in pellegrinaggio da Papa Adriano I e ricevette in regalo alcune reliquie dei Santi Sebastiano e Antimo.

Durante il viaggio di ritorno scoppiò una violenta epidemia e, per ringraziare il Signore quando finì la pestilenza, fondò l'antico monastero su cui poi venne eretta l'Abbazia.

Documenti antichi fanno risalire agli Abati Tao e Tanimondo l'edificazione del monastero dedito alla regola benedettina comunemente conosciuta come "ora et labora".

Gli antichi Abati avevano il titolo di Conti e Consiglieri del Sacro Romano Impero riconosciuti da potenti Re come Berengario II.

I possedimenti e la giurisdizione dell'Abbazia raggiunsero la Maremma ed il pistoiese, oltre che ovviamente il senese.

Nel XII secolo si rese necessario ampliare l'antica chiesa diventata insufficiente alle crescenti necessità dell'abbazia.

I lavori vennero iniziati dall'Abate Guidone che approfittò di essi per cambiare la forma dell'abbazia secondo le ispirazioni riformatrici francesi.

La tradizione vuole che l'Abate Guidone chiese aiuto ai Fratelli francesi dell'abbazia di Cluny.

L'Abbazia prese la forma attuale senza transetto e con dietro l'altare un deambulatorio a cappelle radiali che raccorda le due navate.

Come spesso accade dal massimo splendore si passa rapidamente alla rovina.

Dissanguata dalle spese per l'ampliamento l'abbazia rapidamente decadde a già nel 1291 Papa Nicolò IV la affidò ai Guglielmiti (gli adepti di San Guglielmo di Malavalle l'eremita di Castiglione della Pescaia) per poi essere addirittura soppressa nel 1462 dal Papa Pio II (Papa Enea Piccolomini di Pienza).

Solo moltro recentemente (1992) l'abbazia è stata restaurata ed affidata ai Canonici Regolari Premonstratensi monaci di origine francese.