La Cappella di San Sebastiano fu costruita nel 1480 come zona sepolcrale per i frati custodi della Cappella delle Stimmate.

La Cappella, oggi utilizzata come transito per chi dal Precipizio rientra nel Corridoio delle Stimmate, è composta solamente da un altare con una statuetta di San Sebastiano realizzata da Francesco Collina.

Nella pianta del Santuario questa Cappella è individuata con il numero "14".