La Cappella dedicata a Santa Maria Maddalena fu fatta costruire nel luogo ove sorgeva la prima capanna di San Francesco nel 1214.

Nell'altare di questa Cappella è stata inserita la pietra sulla quale apparve Gesù Cristo a San Francecso.

Finita l'amichevole convesazione San Francesco chiamò Frate Leone e gli disse:

Ovviamente tenuta in grande venerazione, questa pietra è stata inserita nel piano dell'altare nel 1719.

Nella pianta del Santuario questa Cappella è individuata con il numero "6" ed è appena sulla destra rispetto all'ingresso attuale, subito a destra ňungo la discesa al Sasso Spicco.